Desde su fundación en 1549, Pamplona se constituyó en el centro evangelizador del oriente colombiano y de los Andes Venezolanos, pues paralela a la acción colonizadora se desarrollaba la evangelización de los aborígenes y la organización religiosa de los españoles y de los recién llegados al bautismo.

Así por obra de los Dominicos, Franciscanos y Agustinos van surgiendo las “Doctrinas” en los diversos lugares de evangelización que darán más adelante origen a los pueblos y parroquias. Un extenso territorio estará durante el tiempo de la Colonia bajo la guía del Vicario de Pamplona. Fundada la Arquidiócesis de Santa Fe de Bogotá, este territorio quedó adscrito a esa jurisdicción eclesiástica y recibió la constante visita de los Arzobispos de Santa Fe.

Formó luego Pamplona parte de la Diócesis de Mérida y por ello en la época de la Independencia Monseñor Lasso de la Vega frecuentó la ciudad en donde fundó el Colegio Provincial de San José y el Colegio de Ordenandos que daría origen al Seminario Conciliar.