Monseñor José Miguel Gómez nació en Bogotá el 24 de Abril de 1961, en el hogar conformado por Don José Antonio y la Señora María Teresa.

Inició sus estudios de primaria en el Colegio San Carlos de los Padres Benedictinos de su ciudad natal. Continuó su formación, después de haberse trasladado a la ciudad de Manizales, en el Colegio San Luis Gonzaga de los Padres Jesuitas en la capital caldense. En esta misma Institución cursó el bachillerato, entre los años 1974 y 1979.

Posteriormente, ingresó al Seminario Mayor Nuestra Señora del Rosario de Manizales, en donde cursó los estudios de Filosofía (1980-1982) y Teología (1983-1986). Una vez ordenado presbítero, obtuvo, en el Pontificio Instituto Bíblico de Roma (1988-1992), el título de Licenciado en Sagrada Escritura.

Recibió la ordenación Sacerdotal, el 2 de febrero de 1987, en la Catedral Basílica de Manizales, de manos del Señor Arzobispo de entonces, S. E. Mons. José de Jesús Pimiento Rodríguez.

En sus 18 años de Ministerio Sacerdotal ha desempeñado los siguientes cargos y oficios pastorales:

Vicario Parroquial de la Inmaculada Concepción en Aguadas (Caldas) (1987-1988); Capellán Universitario en la Arquidiócesis de Manizales (1992); Párroco de Neira (Caldas) (1993-1997); Párroco de la Inmaculada Concepción en Salamina (Caldas) (1997-2003); Vicario Episcopal de la Zona Norte de la Arquidiócesis de Manizales (1997-2003); Profesor de Sagrada Escritura en el Seminario Mayor de Bogotá (2004); Director del Departamento de Catequesis y Pastoral Bíblica del Secretariado Permanente del Episcopado (mayo 2003 hasta febrero 2005).

El 22 de Noviembre de 2004, Su Santidad Juan Pablo II lo nombró Obispo de la Diócesis de Líbano – Honda. Recibió su ordenación episcopal el 5 de febrero de 2005 y se posesionó en la Diócesis, el 12 de febrero de 2005. 

El 23 de Febrero de 2015, el Papa Francisco lo nombró obispo de la Diócesis de Facatativá.  Tomó posesión el 21 de Marzo de 2015, ese mismo día el Santo Padre le pidió ser administrador apostólico de Líbano-Honda, hasta el 17 de octubre, fecha en la que nombró un nuevo obispo. 

El 25 de abril de 2021 (Domingo del Buen Pastor y Fiesta de san Marcos, evangelista) fue nombrado Arzobispo de Manizales por su Santidad, el Papa Francisco. Tomó posesión de esta sede el 5 de junio del mismo año.