En territorio chocoano desembarcaron, por primera vez, en Colombia los conquistadores quienes fundaron en Santa María la Antigua, la primera Diócesis de tierra firme en 1517. Abandonada por las difíciles condiciones climáticas y en lucha contra los indígenas, el territorio fue cristianizado en condiciones heroicas y con muchos mártires de Jesuitas, Carmelitas y Dominicos durante los siglos siguientes.

A finales del siglo pasado llegaron los Capuchinos, que sembraron la devoción a San Francisco de Asís que todavía se vive con entusiasmo. En abril de 1908 se erige la Prefectura Apostólica del Chocó y se confía a la Congregación de Misioneros Claretianos. La Prefectura cubría todo el Departamento con sus 44.900Km2. El primer prefecto apostólico, Juan Gil, llega en 1909; no obstante, en 1952, mediante orden de Pío XII la prefectura apostólica es suprimida y son creados dos vicariatos apostólicos, el vicariato apostólico de Istmina, administrado por los Misioneros Javerianos de Yarumal y el Vicariato Apostólico de Quibdó, en donde permanecen los claretianos con Mons. Pedro Grau Arola como primer vicario, título que conservará hasta junio de 1983, cuando Mons. Jorge Iván Castaño Rubio es nombrado vicario por Juan Pablo II. Cuatro años después, es creada la diócesis de Apartadó con territorio chocoano segregado del vicariato apostólico y con territorio antioqueño segregado de la arquidiócesis de Santa Fe de Antioquia.

El 30 de abril de 1990, el vicariato apostólico es elevado a diócesis con Mons. Castaño Rubio como obispo, quien renuncia en 2001, siendo trasladado como obispo auxiliar de la Arquidiócesis de Medellín. En enero de 2001, Mons. Alonso Llano Ruiz, hasta entonces Obispo de Istmina Tadó, es nombrado administrador diocesano.

El 25 de julio de 2001, Su Santidad Juan Pablo II nombra a Mons. Fidel León Cadavid Marín como obispo de esta diócesis, quien gobierna hasta el 2 de febrero de 2011.

El 30 de enero de 2013, el Papa Benedicto XVI nombra al P. Juan Carlos Barreto Barreto, de la Diócesis de Espinal, como obispo para la Diócesis de Quibdó, tomando posesión de esta sede el 16 de marzo del mismo año. El 25 de abril de 2022, el Papa Francisco nombra a Mons. Barreto obispo de la Diócesis de Soacha (Cundinamarca) y, el 29 de junio del mismo año, asume como Administrador apostólico Mons. Mario de Jesús Álvarez Gómez, obispo titular de Istmina-Tadó.