Monseñor Francisco Antonio Nieto nació en el municipio de Panqueba (Boyacá) el 17 de septiembre de 1948.

Tras cursar sus estudios de primaria en su pueblo natal, ingresó al Colegio José Joaquín Ortiz de la ciudad de Tunja, donde realizó el bachillerato.

Cursó los ciclos de Filosofía y Teología en el Seminario Mayor San José de la Arquidiócesis de Bogotá. Una vez ordenado presbítero, obtuvo la licenciatura en Historia de la Iglesia en la Pontificia Universidad Gregoriana de Roma (1980-1983).

Es miembro de las Academias de Historia Eclesiástica Nacional y de Bogotá.

El 30 de noviembre de 1973 recibió la ordenación presbiteral por imposición de manos del Cardenal Aníbal Muñoz Duque, entonces Arzobispo de Bogotá.

A lo largo de su ministerio ha desempeñado los siguientes cargos:

• Vicario parroquial de la Sagrada Eucaristía en Bogotá (1975-1976).

• Vicario parroquial de San Bernardino en Soacha (1977).

• Párroco de Santa Lucía en Bogotá (1977-1980).

• Estudiante en Roma (1980-1983).

• Director, formador y profesor del Seminario Mayor San José de Bogotá (1983-1995).

• Párroco de San José de Calasanz en Bogotá (1995-2000).

• Vicario episcopal para la Zona Pastoral del Espíritu Santo desde diciembre de 2000.

• En varias ocasiones ha sido arcipreste, miembro del Consejo Presbiteral y del Colegio de Consultores de la Arquidiócesis de Bogotá.

• Recibió la distinción de Capellán de Su Santidad el 22 de junio de 2007.

El 22 de octubre de 2008, Su Santidad Benedicto XVI lo nombró obispo titular de Teglata de Numidia y auxiliar de la Arquidiócesis de Bogotá. Fue ordenado obispo el 17 de noviembre del mismo año.

El 2 de febrero de 2011 fue nombrado obispo de la Diócesis de San José del Guaviare, tomando posesión canónica de esa sede el 11 de marzo del mismo año.

El 7 de julio de 2011, la XCI Asamblea Plenaria lo designó como delegado de la Conferencia Episcopal de Colombia ante el Consejo Directivo del Servicio Nacional de Aprendizaje – SENA.

El 26 de junio de 2015, Su Santidad el Papa Francisco lo nombró obispo de Engativá. Tomó posesión canónica de la sede el 27 de julio del mismo año.

El 29 de junio de 2024, monseñor Germán Medina Acosta fue designado por el papa Francisco como obispo de la Diócesis de Engativá. Monseñor Nieto continuó como administrador apostólico de la diócesis, sede plena, hasta el 23 de agosto del mismo año, cuando su sucesor tomó posesión canónica de la sede pasando a ser obispo emérito de Engativá.