Monseñor Juan Carlos Cárdenas Toro nació el 31 de mayo de 1968 en Cartago (Valle).

Después de frecuentar la escuela primaria en el Instituto San Juan Bosco, continuó sus estudios en el Instituto Técnico Indalecio Penilla, en su ciudad natal. Los estudios de filosofía los realizó en el Seminario Nacional Cristo Sacerdote (Diócesis de Sonsón - Rionegro), mientras que la teología la cursó en el Seminario Mayor de su propia Diócesis.

Fue ordenado Sacerdote el 6 de septiembre de 1997, incardinándose a la Diócesis de Cartago.

En los años 2001 - 2003 frecuentó la Pontificia Universidad Gregoriana, donde obtuvo la Licencia en filosofía. En el 2013 obtuvo la Licenciatura en Teología Fundamental en la Universidad de San Buenaventura en Bogotá.

Ha tenido los siguientes encargos pastorales:

• Vicario parroquial en la Parroquia del Perpetuo Socorro; Delegado diocesano para la Pastoral Familiar; Profesor y Director espiritual en el Seminario Menor de Cartago (septiembre 1997 - enero 1998).
• Párroco en la Parroquia de la Epifanía del Señor (1998).
• Rector del Santuario del Divino Ecce Horno en Ricaurte - Valle; Formador, Ecónomo y Director espiritual en el Seminario Mayor Diocesano; Delegado diocesano para los medios de comunicación, Asesor diocesano para el Movimiento de Cursillos de Cristiandad (1999-2001).
• Párroco en la Parroquia de San Nicolás de Tolentino (septiembre de 2003 marzo de 2010).
• Nuevamente Rector del Santuario del Divino Ecce Horno (julio de 2005 - marzo de 2010).
• Delegado Diocesano para la Nueva Evangelización (enero 2005 - marzo 2007).
• Director de Desarrollo Social y Comunitario de la “Corporación Diocesana - pro comunidad cristiana” de Cartago (marzo 2007 - marzo 2010).
• Subdirector del Secretariado Nacional de Pastoral Social y Coordinador del Centro Pastoral para la Evangelización de lo social (abril de 2010 - julio 2014).  En el Secretariado de la Conferencia Episcopal fue también el encargado de conformar el Departamento por la Vida.
• Director del Departamento de Lugares Eclesiales del Secretariado Permanente del Episcopado (2014).
• Secretario Adjunto de la Conferencia Episcopal (julio 2014).
• Presidente de la Comisión Episcopal de Comunicaciones (Desde julio 2017 - julio 2019)
• Secretario General del Consejo Episcopal Latinoamericano (CELAM) (2019 – 2023).

El 26 de junio de 2015 fue nombrado por el Papa Francisco como Obispo Auxiliar de la Arquidiócesis de Cali y el 25 de julio fue ordenado como obispo. 

El 01 de octubre de 2020  fue nombrado por el Papa Francisco como Obispo de la Diócesis de Pasto, tomando posesión de esta sede el 21 de noviembre del 2020.

El 29 de mayo de 2025, durante la ceremonia de posesión de monseñor Luis Albeiro Maldonado como obispo de la Diócesis de Santa Rosa de Osos, el Nuncio Apostólico en Colombia, monseñor Paolo Rudelli, anunció el nombramiento de monseñor Juan Carlos Cárdenas como Administrador Apostólico de la Diócesis de Mocoa-Sibundoy.