Monseñor Juan Vicente Córdoba Villota, S.J. nació en Quito (Ecuador), el 23 de Julio de 1951, estando su familia al servicio Diplomático de la Embajada de Colombia en ese país. Hijo del General Juan Bautista Córdoba Álvarez, quien fuera Secretario General de la Presidencia de la República (Junta Militar) con fuero presidencial, y de Doña Leonor Villota Zambrano.

Realizó sus estudios de primaria y bachillerato en Colombia, Chile y Nicaragua, terminando su bachillerato en el Liceo de Cervantes de Bogotá.

Ha obtenido los siguientes grados académicos: Licenciado en Filosofía (1975), Licenciado en Historia (1976), Licenciado en Teología (1979) y Magíster en la misma disciplina (1981). Magíster en Ciencias Políticas (1983), todos estos títulos otorgados por la Pontificia Universidad Javeriana de Bogotá. Posteriormente obtuvo el título de Magíster en Psicología Clínica por la Pontificia Universidad Gregoriana de Roma (1987) y realizó una especialización en Bioética en la Pontificia Universidad Javeriana de Bogotá (2003).

Ingresó a la Compañía de Jesús el 20 de enero de 1969. Recibió el presbiterado el 19 de Octubre de 1979. Realizó la última etapa de su formación Jesuítica en Québec (Canadá) entre 1983 y 1984. Profesó solemnemente en la Compañía de Jesús, como profeso de 4 votos, el 2 de Febrero de 1988.

Ha ejercido los siguientes cargos pastorales:

• Formador de Juniores y filósofos Jesuitas (1981-1991);
• Director de la Pastoral Vocacional de la Provincia de la Compañía de Jesús (1990-1994);
• Rector del Colegio San Pedro Claver de Bucaramanga (1994-2000);
• Presidente Nacional de CONACED (Confederación Nacional Católica de Educación (2000-2001);
• Profesor de Historia, Psicología y Bioética; Decano del Medio Universitario de la Facultad de Medicina de la Pontificia Universidad Javeriana de Bogotá (2002-2004);
• Miembro correspondiente de la Academia de Historia de Santander:
• Miembro honorario de la Sociedad Bolivariana de Colombia.

El 30 de Junio de 2004, Su Santidad Juan Pablo II, lo nombró Obispo Titular de Ausuccura y Auxiliar de la Arquidiócesis de Bucaramanga. Fue consagrado por el Nuncio Apostólico en Colombia, Beniamino Stella, el 28 de agosto del mismo año en la Catedral Basílica Metropolitana de Bogotá y Primada de Colombia.

Fue nombrado Delegado de la Conferencia Episcopal de Colombia para Participar en la V Conferencia General del Episcopado Latinoamericano y del Caribe, en Aparecida Brasil, Mayo 13 al 31 de 2007.

En el año 2008 fue nombrado Presidente de la sección de Educación del CELAM (Consejo Episcopal Latinoamericano)

.El 8 de Julio de 2009 la octogésima séptima Asamblea Plenaria del Episcopado Colombiano lo nombró Secretario General de la Conferencia Episcopal de Colombia.

El 25 de Noviembre de 2011, Su Santidad Benedicto XVI lo nombró Obispo de la Diócesis de Fontibón y el 11 de febrero de 2012 tomó posesión canónica en la Diócesis.