La Diócesis de Popayán fue fundada por Su Santidad el Papa Pablo III, con la Bula "Super especula Militantis ecclesiae” del 1° de septiembre de 1546. Fue nombrado como primer Obispo Don Juan del Valle, natural de Segovia (España), quien ejecutó la Bula Pontificia el 8 de septiembre de 1547 en Aranda de Duero (España), e hizo su ingreso a la Diócesis en enero de 1548.

La Diócesis de Popayán es una de las primeras erigidas en el nuevo mundo; entre las Diócesis de Colombia fue la tercera, después de Santa Marta y Cartagena de Indias (ambas en 1534).