La Diócesis de Facatativá fue creada por el Papa Juan XXIII, el 16 de marzo de 1962, con la Bula Summi Pastoris. Se constituyó segregando de la Arquidiócesis de Bogotá las parroquias de Funza, Mosquera, Madrid, Bojacá, Zipacón, Tenjo, Facatativá, Albán, Guayabal de Síquima, Tabio, Subachoque, El Rosal, San Francisco, La Vega, Sasaima, Villeta y Quebradanegra.

De la Diócesis de Zipaquirá fueron segregadas las parroquias de Chaguaní, Guaduas, La Paz de Calamoima, Supatá, Vergara, Nocaima, Nimaima, La Peña, Topaipí, Útica, San Antonio de Aguilera, La Palma, Caparrapí, Yacopí y Puerto Salgar. En total la nueva Diócesis constaba de 32 parroquias.