La historia de la labor evangelizadora de la diócesis de Fontibón inicia cuando los conquistadores españoles organizaron a los indígenas creando el pueblo de Fontibón, encomendando a los frailes dominicos la actividad misionera que logró que muchos caciques e indígenas de la región se convirtieran al cristianismo.

En 1564 se crea la Arquidiócesis de Bogotá, fortaleciendo así, el proceso evangelizador. En 1585 la iglesia del pueblo de Fontibón fue nombrada “parroquia”, y se inicia la construcción del templo principal, que finaliza en el año de 1577, encomendado al patrocinio del Apóstol Santiago el Mayor, según escritos del siglo XVII, se cuenta que la devoción a este apóstol siempre fue muy acentuada. Actualmente se conserva la única reliquia del apóstol que hay en Colombia, la cual data del siglo XVIII.

Esta parroquia se caracterizó por ser centro notable de actividad evangelizadora en donde participaban los Padres Dominicos, luego por el clero diocesano y a principios del siglo XVII, por los padres Jesuitas, época en la que San Pedro Claver residió en la casa cural de la parroquia Santiago Apóstol, cuando iba y venía de Cartagena.

En el año 1974, el Cardenal Aníbal Muñoz Duque decide presentar ante la Santa Sede el proyecto de dividir la Arquidiócesis de Bogotá con el argumento de que Bogotá ya tenía 4.5 millones de habitantes, 217 parroquias, 52 arciprestazgos, 8 zonas pastorales, 5 obispos auxiliares, 3 vicarios episcopales territoriales, 540 sacerdotes, 20 diáconos permanentes, 159 comunidades femeninas y 63 comunidades masculinas. Por estas razones y el gran número de responsabilidades pastorales y administrativas, la ciudad no podía ser atendida oportunamente.

El proceso de la creación de las diócesis urbanas de Engativá, Soacha y Fontibón comenzó con el nombramiento de vicarías episcopales constituidas por el Cardenal Muñoz Duque; posteriormente Monseñor Pedro Rubiano las convirtió en zonas pastorales, finalmente el 06 de agosto de 2003, año del Santo Rosario, el Papa Juan Pablo II, mediante la bula Suam Eminet, hizo pública la decisión de erigir la Diócesis Urbana de Fontibón, al mismo tiempo que se nombró al primer Obispo, Monseñor Enrique Sarmiento Angulo, mediante la bula Libenter Omnino, quien tomó posesión canónica el 13 de septiembre de 2003.

Monseñor Sarmiento Angulo estuvo al frente de esta Jurisdicción eclesiástica con un proyecto pastoral que le dio continuidad a la obra evangelizadora que seguía las líneas de acción que propuso el sínodo de la Arquidiócesis de Bogotá hasta su renuncia por razones de edad.

El 24 de noviembre de 2011, el Papa Benedicto XVI nombró como nuevo Obispo de Fontibón a Monseñor Juan Vicente Córdoba Villota, quien se posesionó el 11 de febrero de 2012. Monseñor Juan Vicente Córdoba planteó su deseo de poner en marcha el diseño de un proyecto pastoral que incorporara el espíritu de lo que ya se estaba haciendo y de los numerosos aportes del documento de Aparecida y la exhortación Evangelii Gaudium del papa Francisco, que invitaban a una conversión pastoral para una iglesia en salida misionera en el ámbito de una pastoral urbana.

Con la construcción del plan pastoral de la diócesis, animado por el lema: “Del desierto al lugar de la vida, construimos Iglesia juntos”, entendiendo por desierto las periferias de todo tipo, la ciudad secularizada y a todas aquellas víctimas del sufrimiento urbano; comprendemos la vida como el conocer, amar y seguir a Jesús, único camino para llegar al Reino de la Vida, que es el Reino de Dios. En la actualidad, este plan pastoral diocesano ha permitido dinamizar la labor evangelizadora de la diócesis de Fontibón, la cual acoge a niños, jóvenes, adultos, familias, personas de la tercera edad y a todo aquél que se encuentra con sed de Dios. Es así que, luego de tener 44 parroquias desde que inició la diócesis, actualmente se cuenta con 64 parroquias ricas en actividad misionera.