A medida que se consolidaba la nación colombiana, surgieron nuevas jurisdicciones eclesiásticas. Hacia finales del siglo XIX, el Arzobispado de Bogotá quedó reducido al territorio de Cundinamarca, exceptuando el municipio de Medina, que fue asignado al Vicariato Apostólico de Villavicencio. Posteriormente, el 1.º de septiembre de 1951, se creó la Diócesis de Zipaquirá, con territorio segregado del norte del departamento. El 29 de mayo de 1956, el Papa Pío XII erigió la Diócesis de Girardot, y el 22 de marzo de 1962 fue creada la Diócesis de Facatativá.

La creación de la Diócesis de Girardot fue promovida por el Cardenal Crisanto Luque, entonces arzobispo de Bogotá, en respuesta al clamor de sacerdotes y fieles que solicitaban una presencia eclesial más cercana, adaptada a las realidades pastorales y sociales de la región.

Entre los factores que motivaron esta decisión se encontraban las condiciones geográficas adversas, las dificultades de comunicación, la compleja situación de orden público en algunas zonas, el problema agrario derivado de la desigual distribución de tierras, así como el crecimiento demográfico y el desarrollo turístico de Girardot. Estas circunstancias afectaban el ambiente cristiano y debilitaban muchos valores fundamentales de la vida comunitaria.

Atendiendo a esta realidad, el 29 de mayo de 1956, el Papa Pío XII nombró como primer obispo de la nueva diócesis a Monseñor Alfredo Rubio Díaz, hasta entonces obispo titular de Vallis y auxiliar de Santa Marta. El 22 de agosto del mismo año tomó posesión de su cargo en la Pro-Catedral de San Miguel. Durante la misa pontifical, pronunció su primera alocución, siendo saludado por el presbítero Adán Betancourt en nombre del clero y de la comunidad diocesana. Más tarde, en un banquete ofrecido en el Hotel Tocarema, Monseñor Rubio dirigió nuevamente unas palabras.

La nueva diócesis, totalmente desmembrada de la Arquidiócesis de Bogotá, tenía una extensión de 4.502 km² y una población aproximada de 300.000 habitantes. Quedó conformada por las siguientes parroquias: San Miguel (como Iglesia Pro-Catedral), Agua de Dios, Anapoima, Anolaima, Apulo, Arbeláez, Beltrán, Bituima, Cabrera, Cumaca-Tibacuy, Cachipay, El Colegio, El Triunfo, Fusagasugá, Guataquí, Jerusalén, La Mesa, Nariño, Nilo, Venecia, Pandi, Pasca, Pulí, Quipile, San Bernardo, San Juan de Rioseco, San Antonio del Tequendama, Tena, Silvania, Tocaima, Vianí y Viotá.

Monseñor Alfredo Rubio Díaz fue posteriormente obispo de Sonsón (1961–1968) y arzobispo de Nueva Pamplona (1968–1978). También ejerció como administrador apostólico de la Diócesis de Cúcuta (1970–1971).

El segundo obispo de la Diócesis de Girardot fue Monseñor Ciro Alfonso Gómez Serrano, del clero de la Diócesis de Socorro y San Gil. Ordenado sacerdote el 7 de diciembre de 1941, fue nombrado obispo de Girardot el 8 de abril de 1961 y consagrado el 28 de mayo del mismo año. El 24 de julio de 1972 fue designado obispo coadjutor de la Diócesis de Socorro y San Gil, asumiendo como titular el 25 de octubre de 1975.

En su reemplazo, el 10 de febrero de 1973, fue nombrado obispo de Girardot el sacerdote salesiano Jesús María Coronado Caro, ordenado sacerdote el 31 de agosto de 1947 para la comunidad salesiana de San Juan Bosco. Había sido prefecto apostólico del Ariari desde el 16 de junio de 1964. Recibió la consagración episcopal el 24 de marzo de 1973. Posteriormente, fue trasladado a la Diócesis de Duitama el 30 de julio de 1981, donde permaneció hasta el 21 de junio de 1994, año en que pasó a ser obispo emérito de la entonces ya Diócesis de Duitama-Sogamoso.

El 21 de mayo de 1982 fue nombrado como cuarto obispo de la diócesis Monseñor Rodrigo Escobar Aristizábal, quien recibió la consagración episcopal el 14 de agosto del mismo año. Ejerció su labor pastoral hasta el 17 de septiembre de 1987.

Como quinto obispo fue designado Monseñor Jorge Ardila Serrano, ordenado sacerdote el 17 de octubre de 1948. Había sido nombrado obispo auxiliar de la Arquidiócesis de Bogotá el 27 de octubre de 1980 y consagrado el 30 de noviembre del mismo año. En 1988, fue nombrado obispo de Girardot, cargo que ejerció hasta su retiro en 2001.

En su reemplazo, el 15 de junio de 2001, el Papa Juan Pablo II nombró a Monseñor Héctor Julio López Hurtado, S.D.B., como nuevo obispo de Girardot. Perteneciente a la comunidad salesiana, ya había sido vicario apostólico del Ariari y obispo de Granada (Meta) desde el 29 de octubre de 1999. Fue ordenado obispo el 27 de febrero de 1988 por imposición de manos del Nuncio Apostólico en Colombia, Mons. Angelo Acerbi. Monseñor López presentó su renuncia al gobierno pastoral el 11 de julio de 2018.

Ese mismo día, fue nombrado como séptimo obispo de la diócesis Monseñor Jaime Muñoz Pedroza, trasladado desde la Diócesis de Arauca, donde había sido nombrado obispo por el Papa Benedicto XVI. Ejerció allí desde el 22 de octubre de 2010 hasta su traslado a Girardot, sede que actualmente preside como pastor.