La Diócesis de Málaga-Soatá fue creada por la Bula Pontificia Quo Efficacius Provideretur, del Papa Juan Pablo II, dada el siete de julio de 1987 y erigida como tal el 25 de septiembre de 1987. 

Han sido sus obispos: Mons. Hernán Giraldo Jaramillo quien estuvo desde el 25 de septiembre de 1987 hasta el 19 de marzo de 2001. En su reemplazo fue nombrado Mons. Darío de Jesús Monsalve Mejía, de la Diócesis de Jericó y hasta el momento obispo auxiliar de Medellín, el 29 de septiembre de 2001. Terminó su labor pastoral en esta diócesis el 31 de julio de 2010 al ser nombrado arzobispo coadjutor de la Arquidiócesis de Cali. En su lugar fue nombrado Mons. Víctor Manuel Ochoa Cadavid, hasta el momento obispo auxiliar de Medellín, el 24 de enero de 2011. El 24 de julio de 2015, el papa Francisco lo nombró obispo de la Diócesis de Cúcuta. El 29 de junio de 2016 fue nombrado el P. José Libardo Garcés Monsalve, de la Arquidiócesis de Manizales como Obispo de Málaga-Soatá por el Papa Francisco. El 1 de septiembre de 2016 su ordenación episcopal. Estuvo en esta diócesis hasta el 4 de octubre de 2021 cuando fue nombrado obispo de Cúcuta. El 16 de julio de 2022 el Papa Francisco nombra obispo para la Diócesis de Málaga-Soatá al P. Félix Ramírez Barajas, perteneciente al clero de esta diócesis.