En territorio chocoano desembarcaron, por primera vez, en Colombia los conquistadores quienes fundaron en Santa María la Antigua, la primera Diócesis de tierra firme en 1517. Abandonada por la difíciles condiciones climáticas y en lucha contra los indígenas, el territorio fue cristianizado en condiciones heroicas y con muchos mártires de Jesuitas, Carmelitas y Dominicos durante los siglos siguientes.

A finales del siglo pasado vinieron los Capuchinos, que sembraron la devoción a San Francisco de Asís que todavía se vive con entusiasmo. En abril de 1908 se erige la Prefectura Apostólica del Chocó y se confía a la Congregación de Misioneros Claretianos. La Prefectura cubría todo el Departamento con sus 44.900Km2.