La historia de la Diócesis del Guaviare nace con la historia misionera del Gran Vaupés. “En el año de 1912, según Monseñor Gregorio Garavito, el Padre Barón salió de San Martín, atravesó el Llano y llegó a lo que es hoy San José del Guaviare; por aquí se dirigió a Calamar y San Camilo de Itilla, bajó por el Río Vaupés y pasó por Yavaraté, camino a Manaos.

Se abre la posibilidad para el viaje misionero hacia las selvas del Vaupés por el sur, viniendo de Europa por el mar, vía Recife, Río Amazonas arriba hasta Manaos, y luego por el Río Negro hasta las Bocas del Río Vaupés y subir por este hasta Yavaraté, en las Bocas del Río Papurí, por el cual penetró el Evangelio al territorio del Gran Vaupés”.