Desde los inicios del siglo XX San Vicente del Caguán fue parte del inmenso territorio de la amazonía colombiana confiado en 1896 al cuidado pastoral de los misioneros Capuchinos, el cual comprendía los actuales departamentos del Caquetá, Putumayo y Amazonas.

El 30 de mayo de 2019, el Papa Francisco elevó a Diócesis el Vicariato Apostólico de San Vicente del Caguán, nombrando como su primer obispo a monseñor Francisco Múnera Correa.