La diócesis de Ipiales tiene una extensión de 11 089 km² y ejerce su jurisdicción acompañando a los fieles católicos residentes en 27 municipios del departamento de Nariño: Aldana, Ancuya, Cuaspud, Contadero, Córdoba, Cumbal, Cumbitara, Guachucal, Guaitarilla, Gualmatán, Iles, Imués, Ipiales —excepto el corregimiento de El Empalme, que pertenece a la diócesis de Mocoa-Sibundoy—, La Llanada, Linares, Los Andes, Mallama, Ospina, Potosí, Providencia, Puerres, Pupiales, Ricaurte, Samaniego, Santacruz, Sapuyes y Túquerres.

Limita al norte y al este con la diócesis de Pasto, al noroeste con la diócesis de Tumaco, al sureste con la diócesis de Mocoa-Sibundoy (departamento del Putumayo), al suroeste con la provincia eclesiástica de Quito —donde se encuentra la diócesis de Tulcán—, y al sur con el vicariato apostólico de San Miguel de Sucumbíos, en la República del Ecuador.

La sede episcopal se encuentra en la ciudad de Ipiales, donde están la Catedral de San Pedro Mártir y el Santuario de Nuestra Señora del Rosario de Las Lajas, ubicado a 7 km de la ciudad. En 2021, la diócesis contaba con 47 parroquias agrupadas en cinco vicarías: Nuestra Señora de las Lajas, Espíritu Santo, San José, San Juan María Vianney y San Juan Bautista.
Fue erigida el 23 de septiembre de 1964 mediante la bula Cunctis in orbe del papa san Pablo VI, con territorio desmembrado de la diócesis de Pasto y de los vicariatos apostólicos de Tumaco y Sibundoy (hoy ambos diócesis). En sus inicios contaba con 38 parroquias.

El 31 de diciembre de 1964 se nombró como primer obispo a Miguel Ángel Arce Vivas, quien tomó posesión canónica el 28 de enero de 1965. Durante su breve gobierno solicitó que Nuestra Señora de Las Lajas fuese proclamada patrona de la diócesis. El papa Pablo VI, mediante la carta apostólica Tutela caelestis del 26 de abril de 1965, la declaró patrona principal con el título de Nuestra Señora del Rosario de las Lajas. El 10 de abril de 1965, Arce Vivas fue nombrado arzobispo de Popayán.

El segundo obispo fue Alonso Arteaga Yépez, hasta entonces obispo auxiliar de Popayán, preconizado el 24 de julio de 1965 y posesionado el 8 de septiembre del mismo año. Permaneció veinte años en el cargo, el periodo más prolongado en la historia de la diócesis, y se dedicó principalmente a su organización pastoral. El 25 de octubre de 1985 fue nombrado obispo de El Espinal.

Ese mismo día fue designado como tercer obispo Ramón Mantilla Duarte, C.SS.R., quien tomó posesión el 17 de enero de 1986. Su gobierno duró apenas un año debido a problemas de salud, presentando su renuncia el 16 de enero de 1987. Fue el primer obispo emérito de Ipiales y falleció el 16 de marzo de 2009.

En la misma fecha, el papa Juan Pablo II nombró como cuarto obispo a Gustavo Martínez Frías, hasta entonces vicario general de la diócesis de Socorro-San Gil. Durante doce años promovió con fuerza la Nueva Evangelización, alentada por el papa como una “vigorosa llamada para difundir la luz de Cristo”. El 18 de marzo de 1999 fue nombrado arzobispo de Nueva Pamplona.

El quinto obispo fue Arturo de Jesús Correa Toro, nombrado el 29 de enero de 2000 y ordenado el 20 de marzo de ese año. Su episcopado, que se extendió por más de 18 años, se caracterizó por la consolidación pastoral de la diócesis y la celebración de acontecimientos jubilares como el del nuevo milenio (2000) y el 50° aniversario de la diócesis (2014). Culminó también el proceso de Nueva Evangelización. Renunció por razones de salud y protocolo el 29 de abril de 2016, retirándose oficialmente en 2017. Falleció el 26 de mayo de 2021.

Finalmente, el actual obispo, sexto en la historia diocesana, es José Saúl Grisales Grisales, sacerdote del clero de la diócesis de Sonsón-Rionegro y exvicario general de la misma. Fue nombrado por el papa Francisco el 3 de febrero de 2018, recibió la ordenación episcopal el 17 de marzo y tomó posesión el 17 de abril de ese año.