Nuestra historia comenzó el 29 de Julio de 1525, a orillas del Mar Caribe, en la plaza que hoy se llama Parque de Simón Bolívar. Amparado por la frondosidad de los trupillos y de los altivos árboles de ceiba, Diego de Peñas, fraile de la Orden Militar de la Merced, alzó su voz desafiando el fuerte golpeteo del oleaje: “¡Benedictus qui venit in nomine Domini!”. A su lado, erguido y sonriente por haber cumplido el prolongado sueño de su vida, Don Rodrigo de Bastidas ratificó su fe con estas palabras: ”¡Benedici, anima mea, Domino!”. En efecto, a una edad avanzada, la voluntad divina lo había traído desde la Isla La Española (hoy Santo Domingo), para que fundara a la ciudad de Santa Marta, en Tierra Firme, y sobre el legado de los aguerridos y espirituales Tayros (Tayronas) erigiera la primera iglesia de barro y paja, convirtiéndose más tarde, el 5 de junio de 1528, en Vicario de la Provincia de Santa Marta y a los pocos meses en Arcipreste, “en virtud a sus buenos servicios”, por disposición de Carlos I de España y Emperador del Sacro Imperio Romano Germánico.

En ese mismo año, según testimonio de la Real Cédula del 17 de agosto de 1828, el gobernador García de Lerma escribe a Su Majestad, rogando “que se provea un prelado para esta Provincia”. Esta solicitud indica que Fray Diego tuvo altas aspiraciones. Sin embargo, Don Carlos de Habsburgo y Trastámara estaba demasiado ocupado con sus guerras, y la petición quedó postergada. A esto se suma que, en el mismo año de 1828, los frailes de la Orden Militar de la Merced tuvieron que compartir el territorio con los frailes predicadores de la Orden de Santo Domingo de Guzmán, quienes arribaron a estas playas comandados por el prestigioso Fray Tomas Ortiz y Berlanga, célebre por sus acciones en la Isla La Española y en Nueva España (México). Por su nombradía el Rey lo envió rumbo al Nuevo Mundo con el ostentoso nombramiento de “Protector y Defensor de los Indios de Santa Marta”. A los tres años de deambular por el imperio de los Tayros y por los dispersos reinos de los bravos Chimilas, Fray Tomas Ortiz y Berlanga se dirige a la Reina Isabel de Portugal (esposa de Carlos V), y teniendo en cuenta una carta que reposa en el Archivo de Indias, suscrita por un Licenciado Suárez de Carvajal a Su Majestad, se ventiló en el año de 1531, la posibilidad de candidatizar ante el Sumo Pontífice, el nombre de Fray Tomas como primer Obispo de Santa Marta. Pero esta candidatura tampoco tuvo éxito, y a juicio del historiador William Hernández Ospino, “fray Tomas Ortiz y Berlanga tenía muchos enemigos tanto en el Real Consejo de Indias como entre sus frailes compañeros de Salamanca”.

Por fin, la Reina Isabel de Portugal empecinada en su idea de erigir una Iglesia Catedral en Santa Marta, envía reiteradas cartas al Papa Clemente VII, (Julián de Médicis), instándole a que atienda “las suplicas del Emperador”, en el sentido de enaltecer a la Provincia de Santa Marta con la categoría de Diócesis. Al respecto, hay que recordar la enemistad entre la Santa Sede y el Emperador Carlos V, pues este había saqueado e incendiado a Roma el 6 de mayo de 1527, con tanta barbarie que, en toda Europa se decía: “El infierno no es nada si se lo compara con la visión que ofrece la Roma actual”. En vista del anterior incidente el Papa Clemente VII no respondía las numerosas cartas de la Reina Isabel. Empero, la Reina era testaruda, y Clemente VII ordenó que se celebrara el consistorio, con el fin de crear la Diócesis de la Provincia de Santa Marta.

Madre de todas las Iglesias de Colombia

El documento original autenticado en Roma el 8 de Mayo de 1837 por el Encargado de Negocios de la República de la Nueva Granada (Y. TEJADA) y traído a Santa Marta por el Obispo Doctor José Romero y Araujo es el siguiente: “Damos fe y testificamos a todos y a cada uno de los que vieren estas nuestras letras, que en los libros auténticos depositados en el archivo de la Sagrada Congregación de negocios consistoriales y del Sacro Colegio, se conserva lo siguiente de la Iglesia Episcopal de Santa Marta, en la América Meridional, en un libro cuyo título es “Libro de los Negocios Consistoriales del Reverendísimo Vice-Cancelario, expedidos por los Romanos Pontífices desde el año quinto de Clemente VII hasta el año tercio de Pablo III”. En la página 100 se lee: En Roma día 9 de enero de 1533 se celebró el consistorio en el lugar acostumbrado, en el cual,… a súplica del Emperador, se erigió en la plaza o pueblo de Santa Marta, situado en la provincia de la misma Santa Marta, en la región de las Indias, y allí constituyó una Iglesia Catedral, a la cual por presentación del César proveyó en la persona de Alfonso de Tobes, Licenciado en Sagrada Teología…”.

Así, pues, que con el Licenciado Alfonso de Tobes, nacido en Medina Celi comenzó la historia de esta Diócesis. Al igual que Fray Tomas Ortiz y Berlanga, el Emperador Carlos V lo distinguió con el título de “Protector y Defensor de los Indios”, y en la obra “Cedulario de las Provincias de Santa Marta y Cartagena de Indias” por Manuel Serrano y Sanz se encuentran muchos datos que convalidan el nombramiento de Alfonso de Tobes como primer Obispo de Santa Marta, y se cuentan pormenores de su corta estancia hasta el 25 de diciembre de 1535.
Desde su fundación, no fue fácil el itinerario de la Iglesia en Santa Marta, ya que la ciudad carecía de fortalezas que la defendieran, y por esto se convirtió en escenario frecuente de los piratas ingleses y holandeses que, con mordaz enojo incendiaron las catedrales que se construyeron en el curso de tres siglos. En este orden de ideas, hay que agregar que la construcción de la Catedral actual fue terminada en el apogeo de la Guerra de Independencia. A pesar de todo, en los anales de la historia de la Iglesia en Colombia, no se puede refutar que, la Diócesis de Santa Marta fue la “Madre de todas las Jurisdicciones Eclesiásticas colombianas”.

La Catedral de Santa Marta sirvió de última morada del Libertador Simón Bolívar. El 20 de diciembre de 1830, en la nave derecha conocida como “nave del Evangelio” fue sepultado El Libertador y Padre de la Patria. En este sagrado recinto permaneció hasta el año de 1843, cuando sus familiares solicitaron su regreso a Caracas.

La diócesis, entonces, fue erigida el 9 de enero de 1534 mediante la bula Apostolatus officium del papa Clemente VII,[1] y es la diócesis más antigua de Colombia. No se sabe si el territorio de la diócesis deriva de la diócesis de Santo Domingo o de la de Panamá. En cualquier caso, la diócesis fue originalmente sufragánea de la archidiócesis de Sevilla, hasta el 12 de febrero de 1546 en que pasó a formar parte de la provincia eclesiástica de la arquidiócesis de Santo Domingo.

Su primer obispo fue Alfonso de Tobes según la bula papal que dice así:

Clemente, Obispo de los Siervos de Dios, al amado hijo Alfonso de Tobes, elegido para Santa Marta, salud y bendición apostólica... Nos en tu persona, grata a nos y a nuestros hermanos, por exigirlo así tus méritos, eligiéndote a ti como Obispo y Pastor...

Durante el episcopado de Juan de los Barrios, el 11 de septiembre de 1562 la sede episcopal fue trasladada por disposición del papa Pío IV a Santafé (hoy Bogotá)  y el 22 de marzo de 1564 fue elevada al rango de arquidiócesis metropolitana con el nombre de arquidiócesis de Santafé.  La antigua catedral de Santa Marta se convirtió en colegiata[] o, según otras fuentes, en abadía nullius dependiente directamente de la Santa Sede.] Sin embargo, ya el 15 de abril de 1577 se restableció la sede episcopal, sufragánea de la arquidiócesis de Santafé en Nueva Granada, con el nombramiento del dominico Juan Méndez de Villafranca. 

En la década de 1760 se inició la construcción de la actual catedral por iniciativa del obispo Nicolás Gil Martínez y Malo y del gobernador Andrés Pérez, basándose en los diseños del arquitecto Juan Cayetano Chacón. 

Un primer intento de erigir el seminario episcopal tuvo lugar en los años 1669-1682, pero fracasó por falta de recursos. Fue establecido definitivamente en 1788 durante el episcopado de Francisco Navarro; sin embargo, el edificio que lo albergaría no se terminó hasta el 4 de enero de 1811. 

El 20 de junio de 1900 la diócesis pasó a ser sufragánea de la arquidiócesis de Cartagena de Indias.
Posteriormente cedió partes de su territorio en varias ocasiones para la erección de nuevas circunscripciones eclesiásticas:
•    el vicariato apostólico de La Guajira el 17 de enero de 1905 mediante el decreto Cum perplures de la Congregación papa los Asuntos Eclesiásticos Extraordinarios; 
•    la prefectura apostólica de Río Magdalena (hoy diócesis de Barrancabermeja) el 2 de abril de 1928 mediante la bula Dominici gregis regiminis del papa Pío XI;]
•    la prelatura territorial de Bertrania en Catatumbo (hoy diócesis de Tibú) el 1 de agosto de 1951 mediante la bula In nimium territorium del papa Pío XII; 
•    la diócesis de Ocaña el 26 de octubre de 1962 mediante la bula Quoniam arcana del papa Juan XXIII. 
El 26 de abril de 1969 pasó a formar parte de la provincia eclesiástica de la arquidiócesis de Barranquilla.
El 17 de enero de 2006 cedió otra porción de su territorio para la erección de la diócesis de El Banco mediante la bula Munus Nostrum del papa Benedicto XVI. 

Obispos de la Diócesis de Santa Marta

•    Alfonso de Tobes † (9 de enero de 1534, pero el 18 de diciembre de 1533 falleció) (obispo electo).
•    Juan Fernando Angulo † (6 de septiembre de 1536-julio de 1542 falleció)
•    Martín de Calatayud, O.S.H. † (19 de diciembre de 1543-9 de noviembre de 1548 falleció)
•    Sede vacante (1548-1552)
•    Juan de los Barrios, O.F.M.Obs. † (2 de abril de 1552-11 de septiembre de 1562 nombrado obispo de Santafé en Nueva Granada). 
•    Sede suprimida (1562-1577)
•    Juan Méndez de Villafranca, O.P. † (15 de abril de 1577-diciembre de 1577 falleció)
•    Sebastián Ocando, O.F.M.Obs. † (6 de febrero de 1579-21 de junio de 1619 falleció)
•    Leonel de Cervantes y Caravajal † (17 de marzo de 1621-1 de diciembre de 1625 nombrado obispo de Santiago de Cuba)
•    Lucas García Miranda † (15 de diciembre de 1625-1629 falleció)
•    Antonio Conderina Vega, O.S.A. † (16 de diciembre de 1630-26 de mayo de 1642 nombrado obispo de Huamanga)
•    Juan del Espinar Orozco, O.P. † (16 de junio de 1642- 1652 falleció)
•    Sede vacante (1652-1661)
•    Francisco de la Cruz, O.P. † (25 de febrero de 1658- 1661 falleció) (obispo electo). 
•    Francisco de la Trinidad Arrieta, O.P. † (5 de septiembre de 1661-1664 falleció).
•    Melchor Liñán y Cisneros † (6 de octubre de 1664-16 de enero de 1668 nombrado obispo de Popayán).
•    Lucas Fernández de Piedrahíta † (27 de febrero de 1668-16 de noviembre de 1676 nombrado obispo de Panamá).
•    Diego de Baños y Sotomayor † (13 de septiembre de 1677-15 de febrero de 1683 nombrado obispo de Caracas).
•    Gregorio Lago Pastrana † (24 de abril de 1684-1690 falleció).
•    Sede vacante (1690-1694)
•    Juan Victores de Velasco, O.S.B. † (19 de julio de 1694-28 de noviembre de 1707 nombrado obispo de Trujillo).
•    Sede vacante (1707-1715)
•    Luis de Gayoso, O.Cist. † (30 de agosto de 1713-fines de 1713 falleció) (obispo electo). 
•    Antonio de Monroy y Meneses, O. de M. † (21 de enero de 1715-1 de septiembre de 1738 renunció).
•    José Ignacio Mijares Solórzano y Tobar † (11 de noviembre de 1740-1742 falleció).
•    Juan Nieto Polo del Águila † (15 de julio de 1743-28 de noviembre de 1746 nombrado obispo de Quito).
•    José Javier de Arauz y Rojas † (28 de noviembre de 1746-28 de mayo de 1753 nombrado arzobispo de Santafé en Nueva Granada).
•    Fernando Camacho y Rojas † (28 de mayo de 1753-1754 falleció).
•    Nicolás Gil Martínez y Malo † (4 de agosto de 1755-4 de abril de 1763 falleció).
•    Agustín Camacho y Rojas, O.P. † (20 de agosto de 1764-4 de marzo de 1771 nombrado arzobispo de Santafé en Nueva Granada).
•    Francisco Javier Calvo † (4 de marzo de 1771-22 de diciembre de 1773 falleció).
•    Francisco Navarro † (13 de marzo de 1775-noviembre de 1788 falleció).
•    Anselmo José de Fraga y Márquez † (29 de marzo de 1790-1794 falleció).
•    José Alejandro de Egües y Villamar † (1 de junio de 1795-1797 falleció).
•    Diego Santamaría Cevallos, O.F.M.Obs. † (17 de abril de 1798-antes de 4 de julio de 1801 falleció).
•    Eugenio de la Santísima Trinidad Sesé, C.R.S.A. † (28 de septiembre de 1801-31 de octubre de 1803 falleció).
•    Miguel Sánchez Cerrudo, O.F.M.Obs. † (20 de agosto de 1804-4 de agosto de 1810 falleció).
•    Manuel Redondo y Gómez † (19 de abril de 1811-1813 falleció).
•    Sede vacante (1813-1817)
•    Antonio Gómez Polanco, O.F.M.Obs. † (28 de julio de 1817-13 de diciembre de 1820 falleció).
•    Sede vacante (1820-1827)
•    José María Estévez † (21 de mayo de 1827-15 de octubre de 1834 falleció).
•    José Luis Serrano † (1 de febrero de 1836-12 de mayo de 1852 falleció).
•    Bernabé Rojas, O.P. † (13 de enero de 1854-13 de abril de 1858 falleció).
•    Sede vacante (1858-1875)
•    Vicente Arbeláez Gómez † (13 de mayo de 1859-6 de diciembre de 1864 (vicario apostólico).
•    José Romero † (5 de julio de 1875-22 de septiembre de 1891 falleció). 
•    Rafael Celedón † (17 de diciembre de 1891-10 de diciembre de 1902 falleció). 
•    Francisco Simón y Ródenas, O.F.M.Cap. † (11 de junio de 1904-2 de diciembre de 1912 renunció).
•    Francisco Cristóbal Toro Correa † (16 de diciembre de 1913-8 de febrero de 1917 nombrado obispo de Antioquia-Jericó).
•    Joaquín García Benítez, C.I.M. † (15 de septiembre de 1917-14 de mayo de 1942 nombrado arzobispo de Medellín).
•    Bernardo Botero Álvarez, C.M. † (5 de julio de 1944-29 de mayo de 1956 nombrado arzobispo de Nueva Pamplona).
•    Norberto Forero y García † (29 de mayo[] de 1956-2 de junio de 1971 retirado).
•    Javier Naranjo Villegas † (2 de junio de 1971-24 de julio de 1980 renunció).
•    Félix María Torres Parra † (11 de diciembre de 1980-11 de mayo de 1987 nombrado arzobispo de Barranquilla).
•    Ugo Puccini Banfi (4 de diciembre de 1987-5 de agosto de 2014 retirado).
•    Luis Adriano Piedrahita Sandoval † (5 de agosto de 2014-11 de enero de 2021 falleció).
•    José Mario Bacci Trespalacios, C.I.M., desde el 19 de noviembre de 2021.