El Vicariato Apostólico de Puerto Gaitán fue creado por bula de Juan Pablo II, del 22 de diciembre de 1999. Segregado de parte del territorio de la antigua Prefectura Apostólica del Vichada y de cesión territorial de la Diócesis de Villavicencio en el Municipio de Puerto Gaitán.

Desde hace más de 50 años este territorio ha sido pastoreado por los Padres Montfortianos quienes han creado espacios de evangelización.