En tiempos de la colonia la Iglesia Católica tuvo presencia en estas islas. En forma continua la evangelización comenzó el año 1900 cuando el sacerdote alemán Albert Stroebelle, trabajando en los EE.UU., oyó hablar de que en estas islas no había sacerdotes y solicitó el permiso a su Obispo para viajar a ese lugar. 

Cuando llegó se dio cuenta de que sólo existía la Iglesia Bautista establecida desde 1884. No obstante comenzó la obra evangelizadora. Cuenta él mismo que en la isla de Providencia, con la ayuda del Señor, al predicar durante la cuaresma en una iglesia Bautista, por invitación del pastor Rev. Eusebio Howard, sobre la pasión y muerte de N. S. Jesucristo, convirtió a la Fe Católica a toda la comunidad con su pastor a la cabeza, formando así la primera comunidad católica, bajo la advocación de Nuestra Señora de los Dolores y teniendo como templo el que antes era Iglesia bautista de Bethel. 

Al padre Stroebelle se le unió el sacerote estadounidense Timothy Saint John, quien trabajó en la misión hasta 1910. Al morir, la misión pasó al Instituto Saint Joseph of the Sacred Herat de los Estados Unidos. Ese instituto envió a las islas a dos de sus miembros que se sucedieron el uno al otro durante el período de 1910 a 1913. Fueron estos el padre John Joseph Albert y el padre James Bartholomew. 

A petición del Arzobispo de Cartagena, Msr. Pedro Adán Brioschi, quien encontrando difícil atender esta porción de su Arzobispado a causa de la distancia y las dificultades de transporte, la Santa Sede creó la Misión “Sui iuris”, el 20 de junio de 1912, encargándola a los Padres ingleses del colegio de San José de Mill Hill de Londres. 

Los misioneros llegaron a San Andrés en los primeros días de 1913 y como superior eclesiástico vino el Rvmo. P. Fritz Patrick tomando en marzo de este año posesión canónica. Trabajaron hasta 1926, cuando por disposición de la Sagrada Congregación de Propaganda FIDE, entregaron la misión a los Padres Capuchinos de la Provincia de Valencia (España), quienes continuando la obra evangelizadora lo hicieron en tres frentes: pastoral catequética, educación y promoción social. 

En 1946, por decreto del 14 de noviembre, la Misión se erigió en Prefectura Apostólica. Al lado de los Padres Capuchinos y desde el principio, las Hermanas Terciarias Capuchinas trabajaron en la formación de la población infantil y juvenil fundando y dirigiendo el Colegio de la Sagrada Familia, desde el que se afianzó la fe, se creó una espiritualidad y se colaboró en el desarrollo de las islas. 

A partir de 1941 se ordenó el primer sacerdote nativo, el Padre Eusebio Howard, al que siguieron los padres Martín Taylor, José Archbold, Benito Hufffington y Marcelino Hudgson. 

Los Prefectos Apostólicos, fueron los padres Eugenio de Carcagente (1946-1953), Gaspar de Orihuela, (1.953 - 1965), Alfonso Robledo Mejía (1966 - 1972), Antonio Ferrándiz Morales (1972 - 1998), todos ellos de la Orden de Frailes Menores Capuchinos. 

El cinco de diciembre de 2000, la Santa Sede elevó la Prefectura en Vicariato Apostólico, nombrando como primer Obispo a Monseñor Eulises González Sánchez, quien tomó posesión el primero de abril de 2001.