Monseñor Elkin Fernando Álvarez Botero nació en el municipio de El Retiro (Diócesis de Sonsón - Rionegro, Antioquia), el 21 de Noviembre de 1968, en la familia de Guillermo y Teresa. Tiene dos hermanos y una hermana.

Después de haber frecuentado la escuela primaria y parte de la secundaria en el municipio de origen, en 1983 ingresó en el Seminario Menor Diocesano Nuestra Señora de Marinilla, donde concluyó los estudios de bachillerato y cursó la filosofía (1987-1988). En el Seminario Nacional Cristo Sacerdote de La Ceja estudio la teología (1998-1991). Luego, cursó estudios de Teología Bíblica en la Pontificia Universidad Gregoriana de Roma, obteniendo la Licencia (1992-1994).

Fue ordenado sacerdote el 1 de Julio de 1993 en Roma, en la capilla del Colegio Internacional María Mater Ecclesiae, por imposición de manos de Mons. Flavio Calle Zapata, entonces obispo de Sonsón - Rionegro.

Ha desempeñado los siguientes oficios pastorales:

• Diácono vicario parroquial de la Catedral de Sonsón (1992);
• Formador y profesor del Seminario Nacional de Cristo Sacerdote de La Ceja (1994-2000);
• Delegado episcopal para la Animación Bíblica de la Pastoral de la diócesis de Sonsón - Rionegro (1996-2003);
• Miembro del Consejo Presbiteral y del Colegio de Consultores de la diócesis de Sonsón - Rionegro (1999-2003);
• Rector y ecónomo del Seminario Nacional de Cristo Sacerdote de La Ceja (2000-2003 );
• Colaborador local de la Nunciatura Apostólica en Bogotá (2003-2010);
• Director de los Departamentos de Ministerios Ordenados y de Vida Consagrada de la Conferencia Episcopal de Colombia (2010-2012).

El 28 de mayo de 2012, Su Santidad Benedicto XVI lo nombró Obispo Auxiliar de Medellín y fue ordenado Obispo el 4 de Agosto de 2012.

El 7 de julio de 2016, fue elegido por la Asamblea Plenaria del Episcopado como Secretario General de la Conferencia Episcopal de Colombia (período 2016-2021).

El 22 de octubre de 2020 fue nombrado, por el Papa Francisco, obispo de la Diócesis de Santa Rosa de Osos, tomando posesión de su cargo el 16 de diciembre de 2020.

El 3 de mayo de 2022, fue nombrado por el Papa Francisco, como administrador apostólico de Santa Fe de Antioquia. Cargo que ejerció hasta el 23 de marzo de 2023.

Falleció repentinamente el 8 de julio de 2023, a los 54 años, en pleno ejercicio de su ministerio episcopal en la Diócesis de Santa Rosa de Osos (Antioquia).